Plaatselijke historici geven twee oorsprongen voor de stichting van deze abdij van de Orde van Sint Benedictus:

-De eerste maakt Pepijn de Korte, vader van Karel de Grote, de stichter van de abdij rond 760. Deze oorsprong is gebaseerd op een akte die in 1328 uit het origineel is overgenomen.

-Het tweede is gebaseerd op een document van de abdij van La Sauve-Majeure waarin staat dat de heilige Avit de priester de abdij heeft gesticht.

De stichtingsdatum is dus niet te achterhalen, zelfs de titel is onzeker, Saint-Pierre-et-Saint-Paul of Saint-Pierre-ès-Liens?

De oudheid van de stichting van de abdij wordt bewezen door de omvang van haar bezittingen, haar belang in de Agenais, de rol die zij door de eeuwen heen heeft gespeeld en het belang van de diensten die zij aan de omliggende regio heeft verleend. De stad Clairac ontwikkelde zich rond de abdij.

De abdij werd verwoest door de Albigenzen in de 13e eeuw.

Edward I geeft in een brief van 20 mei 1293 over de bouw van een bastide in Nicole aan dat de abt van Clairac bij deze stichting betrokken was. Diezelfde Eduard I gaf de abt van Clairac toestemming om al zijn graan, wijn en andere goederen over de Garonne naar Bordeaux enz. te vervoeren, zonder dat hij in de stad Bordeaux tol of entreegeld hoefde te betalen. Volgens Artaud de Montor was Guillaume de Grimoald, gekozen tot paus onder de naam Urbanus V, een monnik in de abdij van Clairac.

Tijdens de Honderdjarige Oorlog werd de stad belegerd en de abdij gedeeltelijk verwoest door zowel Franse als Engelse troepen. Pas na de slag bij Castillon in 1453 keerde de rust in het land terug. Toen waren er nog maar 9 monniken over.

In 1483 schonk Lodewijk XI inkomsten in Languedoc en Guyenne, waaronder die van de abdij van Clairac, aan de Basiliek van Sint Jan Lateranen om de restauratie ervan mogelijk te maken.

Aan het begin van de 16e eeuw waren er 150 religieuzen afhankelijk van de abdij, maar de Reformatie ontwikkelde zich in het land. Het was toen dat de monniken massaal toetraden tot het protestantisme, en de meesten van hen trouwden. De inwoners van Clairac hadden toen bijna allemaal de kant van de Reformatie gekozen. De abdij werd geplunderd en vervolgens gesloopt, evenals de kerken in het rechtsgebied.

Toen kreeg Henri d'Angoulême, Grote Prior van Frankrijk, de abdij, toestemming van het parlement van Bordeaux om de klokkentoren in bezit te nemen.

De abdij werd onderdeel van het kapittel van Sint Jan Lateranen in 1604. De inkomsten van de abdij werden in twee gelijke delen verdeeld, aan het kapittel van Lateranen in Rome en aan het kapittel van het bisdom Agen.

Het Lateraanse Kapittel stuurde vervolgens een van zijn leden, kanunnik Paolo Garganti, als administrateur. Hij begon toen met de wederopbouw van de gebouwen van de abdij en de abdijkerk.

In 1621 werd in Clairac een koninklijke jezuïetenmissie opgericht. De priesters van de parochie en die van de abdij vochten aan de poorten van de abdijkerk. In 1666 noemden de protestanten de abdij van Clairac de "abdij van Babylon". De missen in de abdijkerk werden opgedragen door jezuïeten van het college in Agen. 

Tijdens de Revolutie werd de abdij in 1792 in beslag genomen als nationaal bezit. Het werd verkocht in 1799. Het kapittel van Sint Jan Lateranen eiste compensatie van Napoleon I. Deze beloofde 12.000 ecu die hij niet betaalde. In 1825 kende Karel X eindelijk een jaarlijkse vergoeding van 24.000 francs toe aan het Lateraans Kapittel, maar deze werd ten tijde van de julirevolutie afgeschaft. Napoleon III herstelde de betaling van deze vergoeding, maar deze werd door de Derde Republiek afgeschaft. Tenslotte schonk Aristide Briand, destijds minister van Buitenlandse Zaken, in 1927 een kleine som geld.

Tussen 1942 en 1945 werden de abdijgebouwen gevorderd om er een marineschool in onder te brengen.

Daarna werd het omgevormd tot een middelbare school tot het begin van de jaren 1980, en vervolgens werd er een privé-museum in ondergebracht dat het kloosterleven voorstelde met behulp van automaten (bewegende poppen). Het museum is sinds 2004 gesloten.

In december 2013 werd de abdij van Automaten gekocht door Adam Tornay en Lajos Kupor die er een cultureel centrum wilden vestigen. In 2019 wordt de abdij opnieuw te koop aangeboden. Ze heeft dus al die jaren op ons gewacht tot wij de tijd hadden voor de grote renovatie..

Een uitgebreide geschiedenis vindt u hier.