Les historiens locaux ont donné deux origines pour la fondation de cette abbaye de l'ordre de Saint-Benoît :

•            la première fait de Pépin le Bref, père de Charlemagne, le fondateur de l'abbaye vers 760. Cette origine est basée sur un acte vidimé à partir de l'original en 1328.

•            la seconde est basée sur un document de l'abbaye de La Sauve-Majeure indiquant que saint Avit prêtre a donné naissance à l'abbaye.

Sa date de fondation est donc invérifiable, même sa titulature est incertaine, Saint-Pierre-et-Saint-Paul ou Saint-Pierre-ès-Liens ?

L'ancienneté de sa fondation est prouvée par l'étendue de ses possessions, de son importance dans l'Agenais, du rôle qu'elle a joué à travers les siècles et de l'importance des services à la contrée environnante. La ville de Clairac s'est développée autour de l'abbaye.

fL'abbaye a été ravagée par les Albigeois au XIIIe siècle.

Édouard Ier indique dans une lettre datée du 20 mai 1293 concernant la construction d'une bastide à Nicole que l'abbé de Clairac est intervenu dans cette fondation. Le même Édouard Ier a autorisé l'abbé de Clairac à faire transporter sur la Garonne jusqu'à Bordeaux tous ses blés, vins et autres denrées… etc., sans être soumis à aucun droit de péage ni d'entrée dans la ville de Bordeaux. D'après Artaud de Montor, Guillaume de Grimoald, élu pape sous le nom d'Urbain V, aurait été moine à l'abbaye de Clairac.

Pendant la guerre de Cent Ans la ville a été assiégée et l'abbaye partiellement détruite à la fois par les troupes françaises et anglaises. La paix ne revient dans le pays qu'après la bataille de Castillon, en 1453. Il ne reste plus alors que 9 religieux.

En 1483, Louis XI fait donation de revenus en Languedoc et en Guyenne, dont ceux de l'abbaye de Clairac, à la basilique Saint-Jean-de-Latran pour permettre sa restauration.

En 1509, quand Bertrand de Lustrac est nommé évêque de Lectoure, il résigne en cours de Rome son abbaye de Clairac et ne conserve que l'abbaye de Saint-Maurin. Le pape a transmis l'abbaye à Antoine de Chabannes, protonotaire apostolique.

Au début du XVIe siècle il y a 150 religieux dépendant de l'abbaye, mais la Réforme va se développer dans le pays.C'est alors que les moines rallient le protestantisme en masse, puis se sont pour la plupart mariés. Les habitants de Clairac avaient alors presque tous pris le parti de la Réforme. L'abbaye a été pillée, puis démolie ainsi que les églises de la juridiction.

Puis Henri d'Angoulême, grand prieur de France, a été pourvu de l'abbaye. Il a été autorisé par le parlement de Bordeaux à en prendre possession à vue du clocher.

L'abbaye a été rattachée au chapitre de Saint-Jean-de-Latran en 1604. Les revenus de l'abbaye sont divisés en deux parts égales, au chapitre de Latran à Rome, et au chapitre de l'évêché d'Agen.

Le chapitre du Latran a alors envoyé comme administrateur un de ses membres, le chanoine Paolo Garganti. Il a alors entrepris de reconstruire les bâtiments de l'abbaye et de l'église abbatiale.

En 1621, une mission royale de jésuites est établie à Clairac. Les prêtres de la paroisse et ceux de l'abbaye se battent aux portes de l'abbatiale. En 1666, les protestants désignent l'abbaye de Clairac comme l'« abbaye de Babylone », en 1666. Les messes dans l'abbatiale sont dites par les jésuites du collège d'Agen. Une dénonciation faite au chapitre du Latran en 1694 parle « delle cose abominabili » qui se passent dans l'abbaye. Le vicaire général a transformé le couvent en académie de jeu. Le vicaire général représentant le chapitre du Latran Luperti a bâti un hôtel pour sa maîtresse à Clairac. Si le chapitre de Saint-Jean-de-Latran s'est surtout intéressé aux revenus que lui apporte l'abbaye de Clairac, il a dû être choqué par cette dénonciation car il a envoyé un enquêteur.

À la Révolution l'abbaye est saisie comme bien national en 1792. Elle est vendue en 1799. Le chapitre de Saint-Jean-de-Latran réclama des compensations à Napoléon Ier. Celui-ci lui a promis 12 000 écus qu'il n'a pas payés. Finalement Charles X a accordé en 1825 une indemnité annuelle de 24 000 francs au chapitre du Latran, mais elle est supprimée au moment de la Révolution de juillet. Napoléon III a rétabli le paiement de cette indemnité, mais elle est supprimée par la IIIe République. Finalement, Aristide Briand, alors ministre des affaires étrangères, a fait le don d'un petit capital en 1927.

Entre 1942 et 1945, les bâtiments de l'abbaye sont réquisitionnés pour abriter une école navale.

Elle va ensuite être transformée en lycée jusqu'au début des années 1980, puis a hébergé un musée privé qui présentait la vie monastique à l'aide d'automates qui a été fermé en 2004.

En décembre 2013, l'abbaye des automates a été rachetée par Adam Tornay et Lajos Kupor5 qui souhaitaient y établir un centre culturel6. En 2019, l'abbaye est à nouveau proposée à la vente.

Elle a attendu toutes ces années, jusqu'à ce que nous ayons le temps de procéder à la rénovation majeure..

Une histoire complète peut être trouvée ici.